Hmm, ich glaub nicht, dass die Lichtmaschine irgendwo unterscheiden kann. Sobald das Trennrelais offen ist (also mit der Zündung) sind die beiden Batterien parallelgeschaltet. Danach hat die Lichtmaschine einen virtuellen Akku auf der anderen Seite, die es zu laden gilt. Die Lichtmaschine sieht nicht, dass es da zwei "getrennte" Akkubündel gibt. Die Lichmaschine weiss also gar nicht, dass ihr Anlass-Akku eigentlich kleiner ist.

Wie voll die wird kann ich nicht sagen. Wenn wir fahren geht die Anzeige auf bis zu 15V hoch. Da die "Voll"-Spannungen von Gelbatterien bei knapp unter 13V liegt, denke ich, dass in dem Moment die Lichtmaschine nichts mehr leisten muss.
Hängen wir das Auto an die Steckdose, pendelt sich die Spannung laut Anzeige auf knapp über 13V ein. Ich denke, dass in beiden Fällen die Batterie mehr oder weniger voll ist.

Ich kann das elektrotechnisch nicht erklären, weiß aber soviel aus der Elektrotechnik, dass die Summe der Zellen einer großen Batterie dafür sorgt, das die Stromspannung tatsächlich grösser ist, als bei einer kleineren Batterie. Wenn man eine "volle" kleine Batterie parallel mit einer " vollen" großen Batterie schließt, fließt bereits ein Strom.
Ein Elektroingenieur könnte jetzt auch was zu den Innenwiderstände eines Akkus erklären. (Ich leider nicht)
Wenn man Batterien mit unterschiedlichen Innenwiderständen parallel schließt, kommen auf jeden Fall, aus elektrotechnischer Sicht, sehr interessante Dinge dabei raus.
Aus meiner Bastelneugier habe ich mal zwei kleine haushalstypische Akkus unterschiedlichen Alters und Größe (aber gleicher Spannung) parallelgeschaltete und mit einer etwas höheren Gleichspannung laden wollen. Tatsächlich wurden nicht beide gleichermaßen geladen.
Nun zum Nugget: Nach langer Fahrt erscheinen beide Akkus geladen zu sein. (z.B. 13,6 Volt am Display) Nun stecke ich das Auto ans Stromnetz und es fließt in den ersten Stunden ein deutlich höherer Strom, als später (immer ohne Verbraucher)
Das was rein fließt muss irgendwo ja geblieben sein und nach meiner Theorie ist das die Energie, die dem Gelakku noch zur Vollladung gefehlt hat.